Lewat petang 12 Februari 1949, ditepi jalanraya kota Kaherah, Imam Hasan Al-Banna ditembak dan terus rebah. Beliau kemudiannya dibawa ke hospital dan kematiannya di hospital adalah satu misteri ngeri gugurnya seorang syahid.

Acara pengurusan jenazah hanya dikendalikan oleh ahli keluarganya yang terdekat. Pemimpin-pemimpin dan ahli-ahli Ikhwan tidak dapat bersama kerana perintah berkurung telah diisytiharkan oleh pemerintah.

Jenazah Hasan Al-Banna dibawa ke tanah perkuburan dengan dikawal rapi oleh kereta kebal dan kereta perisai tentera. Orang ramai dihalang daripada mengiringi jenazahnya.

Raja Farouk bersembunyi di istananya. Beliau tidak keluar ke masjid untuk menunaikan solat berjamaah dengan orang ramai seperti yang biasa dilakukannya.

Pemerintah Mesir di bawah perdana menteri, Ibrahim Abdul Hadi, merancang dan terus bertindak menjalankan gelombang baru penangkapan beramai-ramai anggota-anggota Ikhwan. Berbagai bukti diada-adakan untuk terus menuduh Ikhwan merancang untuk membunuh perdana menteri Mesir dan mahu mencetuskan revolusi.

Enam bulan penuh berikutan kematian Hasan Al-Banna, Mesir dicengkam dengan tindakan kuku besi pemerintah yang menangkap anggota-anggota Ikhwan. Dianggarkan lebih 4,000 anggota Ikhwan merengkok dan diseksa di penjara-penjara Tur, ‘Uyun Musa dan Huckstep, iaitu sebuah berek lama tentera Amerika.

Seluruh Mesir berada dalam perintah darurat. Mahkamah tentera diwujudkan dengan barisan hakim dan pendakwa yang dipilih khas. Drama dan sandiwara dimainkan dalam perbicaraan dengan motif utamanya mahu mengaitkan Ikhwan dengan percubaan membunuh perdana menteri sebelumnya.

Dalam kemelut inilah Ikhwan Muslimin perlu menyelesaikan masalah dalamannya yang paling utama, iaitu persoalan pengganti Hasan Al-Banna.

Selepas syahidnya Al-Banna, secara tabii tugas Mursyidul Am dipangku oleh timbalannya sejak tahun 1947, iaitu Syeikh Saleh ‘Ashmawi. Dalam keadaan pergerakan yang terbatas, kerahsiaan serta ramai anggota lain merengkok dalam penjara, ramai anggota Ikhwan beranggapan bahawa Syeikh Saleh ‘Ashmawi adalah orang yang seharusnya menerajui Ikhwan selepas itu.

Namun, Salih ‘Ashmawi sejak menjadi timbalan Hasan Al-Banna lagi sudah pun dikaitkan dengan tanzim as-sirri. Tanzim ini dituduh oleh pemerintah sebagai badan yang mencetuskan keganasan di Mesir.

Selain itu, nama-nama lain yang disebut sebagai calon bagi menggantikan Hasan Al-Banna adalah saudaranya sendiri, iaitu Abdul Rahman Al-Banna dan juga setiausaha agung Ikhwan, iaitu Abdul Hakim Abidin. Seorang anggota kanan Maktab Al-Irsyad, Syeikh Hasan Al-Baquri yang bersama-sama Syeikh Hasan ‘Ashmawi menggerakkan Ikhwan sepanjang era tribulasi awal setelah kematian Hasan Al-Banna juga dicalonkan sebagai pengganti.

Pada ketika itu juga seorang pendatang baru dalam Ikhwan pada penghujung hayat Hasan Al-Banna, iaitu Munir Al-Dilla memainkan peranan yang besar dalam gerakan Ikhwan yang memang terbatas pergerakannya itu. Munir Al-Dilla adalah seorang hartawan yang menyertai Ikhwan pada tahun 1947. Beliau telah membuktikan pengorbanannya yang tidak berbelah bagi dengan menginfaqkan sebahagian besar harta bendanya di jalan perjuangan Ikhwan Muslimin.

Dalam persoalan pengganti bagi Hasan Al-Banna, Munir Al-Dilla telah memainkan peranan yang besar. Dalam satu mesyuarat yang diadakan di rumahnya, nama Hasan Al-Hudhaibi sebagai seorang lagi calon bagi menggantikan Hasan Al-Banna. Bermula daripada situlah proses musyawarah pun dijalankan dalam keadaan pergerakan anggota-anggota Ikhwan yang begitu terbatas.

Syeikh Hasan ‘Ashmawi, Abdul Rahman Al-Banna, Abdul Hakim Abidin dan Syeikh Hasan Al-Baquri adalah tokoh-tokoh besar Ikhwan Muslimin pada masa itu. Proses musyawarah tidak dapat dijalankan hingga mampu mencakupi pendapat dan pandangan seluas mungkin anggota yang ada di dalam dan di luar penjara. Oleh itu ramai yang beranggapan bahawa membuat pilihan yang silap bagi jawatan Mursyidul Am boleh menimbulkan perpecahan dalam saff Ikhwan Muslimin.

Berdasarkan pandangan seumpama inilah ramai yang berpandangan bahawa tempat Hasan Al-Banna hendaklah digantikan buat sementara waktu dengan seorang muka baru!. Mereka berpendapat, setelah keadaan beransur pulih, barulah seorang Mursyidul Am yang sebenarnya boleh dipilih.

Untuk itu Hasan Hudhaibi adalah calon terbaik memandangkan kedudukannya yang dihormati pada kaca mata masyarakat Mesir. Hasan Al-Hudhaibi adalah seorang hakim dengan lebih dari 20 tahun pengalaman di pelbagai mahkamah seluruh Mesir. Dengan itu, perlantikannya akan menampilkan imej yang amat positif kepada Ikhwan Muslimin di kalangan orang ramai.

Hujah waqi’ lain yang digunakan juga adalah kerana pada masa itu anggota-anggota Ikhwan Muslimin ramai yang merengkok dalam penjara dan ada yang sedang dan bakal dihadapkan ke mahkamah tentera, maka dengan perlantikan Hasan Al-Hudhaibi sebagai seorang hakim yang terhormat adalah ianya diharapkan dapat mententeramkan pihak kehakiman dan pendakwaan.

Ramai juga anggota yang berharap bahawa Ikhwan Muslimin yang telah diharamkan oleh pemerintah dibenarkan kembali bergerak seperti sebelumnya. Berdasarkan harapan ini, maka mereka yang menyokong perlantikan Hasan Al-Hudhaibi berharap sebagai hakim yang dihormati dan sebagai muka baru dalam gerakan Ikhwan Muslimin, proses pendaftaran semula ini dapat direalisasikan segera.

Syeikh Soleh ‘Ashmawi sendiri menyokong pandangan ini dengan katanya: “Adalah mustahak agar nama-nama anggota kita yang telah dimomok-momokkan oleh pemerintah sebagai pengganas yang menjadikan jamaah kita ditakuti oleh orang ramai ditiadakan buat sementara waktu daripada senarai calon Mursyidul Am”.

Setelah Hasan Al-Hudhaibi dibai’ah sebagai Mursyidul Am, memandangkan keadaan yang begitu diancam oleh pemerintah di atas tekanan Amerika dan negara-negara Barat, beliau menjalankan tugasnya selama enam bulan secara rahsia dan bergerak secara bawah tanah. Ketika itu beliau masih belum melepaskan jawatannya sebagai hakim mahkamah.

Setelah berlaku pertukaran kerajaan, di bawah perdana menteri Nahhas Pasha, Ikhwan Muslimin diberikan izin semula untuk bergerak secara terbuka. Imej Hasan Al-Hudhaibi yang positif telah banyak membantu dalam era peralihan ini. Pada masa yang sama timbalannya juga adalah seorang pengamal undang-undang yang amat dihormati di seluruh Mesir. Beliau adalah Syeikh Abdul Qadir ‘Awdah.

Gandingan Hasan Al-Hudhaibi dan Syeikh Abdul Qadir ‘Awdah telah membantu menempatkan semula Ikhwan diterima secepat mungkin oleh masyarakat Mesir.

Apabila peluang untuk Ikhwan bergerak secara terbuka wujud semula, Hasan Al-Hudhaibi pun turun ke seluruh wilayah untuk bertemu dengan anggota-anggota Ikhwan. Beliau tidak bertemu mereka sebagai Mursyidul Am, sebaliknya beliau bertemu anggota-anggota meminta mereka memilih Mursyidul Am yang lain.

Menurutnya, beliau telah dilantik oleh sekumpulan anggota dalam keadaan darurat. Oleh kerana keadaan darurat telah tiada, maka adalah menjadi hak semua anggota Ikhwan Muslimin untuk memilih Mursyidul Am menurut prosedur dan peraturan yang telah ditetapkan. Lagipun, syarat untuk dipilih menjadi Mursyidul Am pada ketika itu hendaklah ianya seorang yang telah dipilih untuk menjadi anggota Majlis Syura dengan memperolehi tidak kurang daripada tiga perempat dari jumlah undi keseluruhan. Hasan Al-Hudhaibi tidak memenuhi syarat tersebut!.

Permintaan Hasan Al-Hudhaibi tidak diterima. Sebaliknya, delegasi demi delegasi datang ke Kaherah untuk mengesahkan serta membai’ahnya sebagai Mursyidul Am Ikhwan Muslimin yang kedua.